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            核酸以及核苷酸的基本換算

            更新時(shí)間:2012-05-31      點(diǎn)擊次數(shù):5554

            1.核酸的換算
            (1.1) 摩爾數(shù)與質(zhì)量:
            1 mg 1,000bp DNA = 1.52 pmol
            1 mg pUC18/19 DNA (2,688bp) = 0.57 pmol
            1 mg pBR322 DNA (4,361bp) = 0.35 pmol
            1 mg SV40 DNA (5,243bp) = 0.29 pmol
            1 mg FX174 DNA (5,386bp) = 0.28 pmol
            1 mg M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 0.21 pmol
            1 mg l phage DNA (48,502bp) = 0.03 pmol

            1 pmol 1,000bp DNA = 0.66 mg
            1 pmol pUC18/19 DNA (2,688bp) = 1.77 mg
            1 pmol pBR322 DNA (4,361bp) = 2.88 mg
            1 pmol SV40 DNA (5,243bp) = 3.46 mg
            1 pmol FX174 DNA (5,386bp) = 3.54 mg
            1 pmol M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 4.78 mg
            1 pmol l phage DNA (48,502bp) = 32.01 mg

             (1.2) 光吸收值與濃度:
            1 OD260 dsDNA = 50 mg/ml = 0.15 mmol/L
            1 OD260 ssDNA = 33 mg/ml = 0.10 mmol/L
            1 OD260 ssRNA = 40 mg/ml = 0.12 mmol/L
            1 mmol/L dsDNA = 6.7 OD260
            1 mmol/L ssDNA = 10.0 OD260
            1 mmol/L ssRNA = 8.3 OD260

             (1.3) 分子量:
            1個(gè)脫氧核糖核酸堿基的平均分子量為333 Daltons
            1個(gè)核糖核酸堿基的平均分子量為340 Daltons

             (1.4) 核酸末端濃度:
            環(huán)狀DNA:
            pmol ends = pmol DNA ′ number of cuts ′ 2
            線性DNA:
            pmol ends = pmol DNA ′ (number of cuts ′ 2 + 2)

             1 mg 1,000bp DNA = 3.04 pmol ends
            1 mg pUC18/19 DNA (2,688bp) = 1.14 pmol ends
            1 mg pBR322 DNA (4,361bp) = 0.7 pmol ends
            1 mg SV40 DNA (5,243bp) = 0.58 pmol ends
            1 mg FX174 DNA (5,386bp) = 0.56 pmol ends
            1 mg M13mp18/19 DNA (7.250bp) = 0.42 pmol ends
            1 mg l phage DNA (48,502bp) = 0.06 pmol ends

             2.核苷酸的換算:
            (2.1) 分子量:
            MW (Da) = 333 ′ N (number of bases)

            (2.2) 濃度:
            C (mmol/L or pmol/ml) = OD260 / (0.01 ′ N)
            C (ng/ml) = OD260 ′ MW / (0.01 ′ N)
            MW —— molecular weight
            N —— number of bases
            OD260 —— absorbance at 260 nm

            (2.3) 雙鏈DNA與寡核苷酸的熔點(diǎn)
            短于25bp的雙鏈寡核苷酸:
            Tm = 2 (A + T) + 4 (G + C)
            長(zhǎng)于25bp的雙鏈寡核苷酸:
            Tm = 81.5 + 16.6 ( lg[J+] ) + 0.41 (%GC)
            – (600/N) – 0.63 (%Formamide)
            N —— 引物的長(zhǎng)度(以堿基數(shù)計(jì)算)
            J+ —— 單價(jià)陽(yáng)離子濃度

            (2.4) DNA與表達(dá)蛋白之間分子量換算
            1 kb DNA = 333 amino acid ≈ 3.7 ′ 104 Da
            10,000 Da Protein ≈ 270 bp DNA
            30,000 Da Protein ≈ 810 bp DNA
            50,000 Da Protein ≈ 2701 bp DNA
            100,000 Da Protein ≈ 27 kb DNA

             

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